なお貯水池築造にあたり、計画当初の候補地は丹波山・川野・麦山・河内・水根（みずね）・中山（なかやま）・梅久保（うめくぼ）・数馬（※1）・古里（こり）の9地点であった。
このうち数馬・古里は商業中心地や行楽地・景勝地を水没させるため、また丹波山・川野・麦山は流域面積が狭いため、中山・梅久保は堰堤敷に断層が存在するため候補地から外れた。
のち河内が適当として事業認可の手続きを行っていたが、地質調査により水根付近のほうが立地に優れていたため、この地点に建設されることになった。
なお移転世帯が生じた地区は以下のとおり（一部移転も含む）。
・原（はら）
熱海・出野・原・湯場
・河内（こうち）
河内・河内向・川崎・あずまい（あづまい）
・川野（かわの）
南・麦山・本田・大づく（大津久）・川野・すそおり・青木・矢久（箭弓）・庄の指（しょうのさす）・岫沢・日指
・留浦（とずら）
小留浦・留浦・坂本（さかもと）・雨降（あめふり）
・丹波山村
鴨沢（かもさわ）
・小菅村
金風呂（かなぶろ）
移転世帯数は、小河内ダム事務所資料より昭和32年現在で945。移転先の内訳は以下のとおり（市町村名は現在のものに変更した）。
・東京都
町内230（うち旧小河内村地内135）・青梅市97・羽村市25・福生市57・日の出町15・昭島市147・立川市73・八王子市55・都区部34・その他51
・山梨県
丹波山村63・小菅村6・八ヶ岳19（※2）・その他6
・埼玉県
入間市27・その他6
※1 檜原村の数馬（かずま）地区のことだろう
※2 原文ママ。高根町【現・北杜市】清里付近か
ダムサイトの「奥多摩水と緑のふれあい館」の敷地には、水没地から移設した多数の石造物が置かれている（写真3〜）。それぞれの元の位置は不明だが、解説により推測が可能なものもある。
